陰豬年九月時，薩迦班智達欲利益他方的眾生而欲示現涅槃，此時出現了十八種瑞兆，他的醫生比吉、姪子八思巴以及許多人都親眼目睹了這些事蹟。例如九月八日當天大地劇烈震動，我向他請示這件事情意味著什麼？薩迦班智達說：「一般而言，這是象徵一位偉大的菩薩將啟程到其他地方利益有情，我們經歷的大地震動即是這種徵兆。」

許多聖者如文殊師利菩薩、彌勒菩薩、觀世音菩薩等皆示現於虛空之中，薩迦班智達與許多人都清晰地見到祂們。那時在秋古門瑪（Chogor Memar）有位名叫杜朗的格西，因生了重病躺臥在床，整個床上都沾染了排泄物。由於乏人照顧，他的病況非常危急。薩迦班智達便說：「既然諸佛菩薩了知他的病況，祂們懷抱著大悲心，為何不慈眼看顧他？」那晚，在天快要亮時，薩迦班智達的上師傑尊札巴蔣稱在他面前虛空示現，伴隨著的還有大成就者畢瓦巴（Virupa）與克利須那帕（Krishnapa）。傑尊仁波切札巴蔣稱對薩迦班智達說道：「別感到灰心，這個染汙之身必須體驗生、老、病、死四種河流。」接著，大成就者畢瓦巴對薩迦班智達與克利須那帕綻放笑顏，然後開口道：「正是如此。」薩迦班智達追憶這件事時說：「大成就者畢瓦巴以無名指沾取手中噶巴拉碗內的甘露，要我伸出舌頭，在舌上滴了幾滴甘露，那時我便體驗到了“大樂”與“明”的無分別證悟。心想：「沒有比這更高或更殊勝的體驗了，即使是完全超越概念與無分別體驗的諸佛俱生智，都沒辦法與之相比。」隨後傑尊札巴蔣稱對薩迦班智達授記：「當你為利益其他眾生而離開此地時，你將投生到距離這個世界無數世界之遙的東方，安住在該世界成為持明尊者。那一世你將令無數如來歡喜，嚴淨你的佛國剎土。你也會令無數有情眾生成熟，圓滿道次第修持。在下一世你將會轉生為尼美托佩國王的王子。到了那時，即使你還非常年少，就有能力撰著及解釋諸多教法，並能以洞察力照見每一個世界，得以解脫無以計數的虔誠弟子。薩迦班智達對我說：「這一世從我這裡領受灌頂與教法的弟子，到了那時都將再轉世成為我的弟子。」傑尊札巴蔣稱授記：「當他第三次轉世時，將會成為無垢吉祥佛（Buddha Vimalashri），行使利益無量有情之事業」。說畢傑尊札巴蔣稱回頭顧視畢瓦巴與克利須那帕，並問道：「是否如此？」兩位聖者弓同授記：「如是」。薩迦班智達隨後舉行薈供並修持了甚深的上師瑜伽。

這時薩迦班智達的頭頂上現出了一個頂髻，雙眉間呈現猶如海螺殼般的白色旋毫。在他殊勝的色身上，出現了許多這樣的諸種相好。到十一月十四日清晨，虛空出現許多天界供養及勝利幢，伴隨著天樂、樂音與廣大供品，大地劇烈震動，偉大的法王薩迦班智達離開這個世界，證入寂靜涅槃。該月的二十五日，當他的法體荼毗時，煙霧幻化出彩虹，聚集大眾都聽見了天樂，火化後的所有聖骨皆生出無以計數的舍利。